PayPal גובה עמלת מחלוקת כדי לנהל את תהליך יישוב המחלוקות בנוגע לעסקאות שהושלמו על-ידי קונה עם חשבון PayPal או קונה שמשתמש ב-PayPal Checkout כאורח. 

עמלת מחלוקת זו חלה הן על עסקאות שבהן הוגשה על ידי הקונה תביעה ישירות באמצעות PayPal והן על הכחשת עסקה באמצעות חברת כרטיסי האשראי או ביטול באמצעות הבנק. 

עמלת המחלוקת לא חלה על עסקאות המעובדות באמצעות PayPal Pro או עיבוד מתקדם של כרטיס אשראי או חיוב, שמכונות לעתים עסקאות 'לא ממותגות'. 

סכום עמלת המחלוקת תלוי באחוז התביעות שהוגשו מול המכירות הכוללות שלכם במהלך שלושת החודשים הקודמים. עמלת המחלוקת הרגילה תחול, אלא אם שיעור המחלוקות שלכם הוא 1.5% או יותר, והיו לכם יותר מ-100 עסקאות מכירה במהלך שלושת החודשים האחרונים. אם אתם בקטגוריה זו, עמלת  מחלוקת בהיקף גבוה  תחול על כל מחלוקת.  

עמלת המחלוקת הרגילה לא תיגבה בגין בירורים ב'מרכז יישוב המחלוקות' של PayPal שאינם בגדר הסלמה לתביעה, כלומר אלה שנפתרו באופן מוסכם בין הקונה להמוכר, או אלה שהוגשו ל-PayPal ישירות כעסקה בלתי-מורשית.